První pokus o založení budějckého muzea přišel v roce 1865. Otevřelo se ale až v roce 1903

Od slavnostního zpřístupnění muzea, tehdy městského, dne 11. července 1903 do ledna 1965 se budova městského muzea fotografovala zezadu, případně ze strany z Doudlebské (dnes Dukelské) ulice. Před hlavním průčelím se vstupní terasou a vestibulem stály totiž c. k. policejní kasárny zahrnující dvě pozdně klasicistní budovy z roku 1876. Větší budova byla zbořena právě v lednu 1965, přičemž bytelné zdivo i tehdy kladlo značný odpor. Shodou okolností dne 20. ledna 1965 byly fanfárami z Černé věže zahájeny oslavy 700. výročí založení města.  

Policajtský dům byl v tom čase dům bytový a nájemníci o dům příliš nedbali. Nebylo však pravdou, že policajtský dům byl postaven před muzeem, nýbrž muzeum bylo postaveno za policajtským domem. Jeho zbořením se ale hlavní vchod muzea stejně neotevřel. Byla před ním upravena manifestační plocha ovládaná sochou Lenina, který byl k muzeu obrácen zády. Do muzea se stále chodilo ze zadu.

První musejní sbírky se v roce 1877, kdy byl založen muzejní spolek, shromažďovaly v obecním domě na severní straně náměstí vedle Plachého uličky. Předsedou spolku byl zvolen Johann Kneissl, v té době městský tajemník.  Dlouholetým členem výboru byl jeho bratr Karl Kneissl, který jako poslední žijící zakladatel muzea zemřel v roce 1930.

Následujícího roku 1878 byly sbírky muzea přeneseny na radnici do domu U tří korun, který byl toho roku upraven a připojen interiérem k radnici (název U tří korun postupně zanikl, objevil se později v Radniční ulici). V novém domě radnice mělo muzeum až 8 místností, ale to nestačilo a navíc radnici muzeum prostorově překáželo. Skoro 20 let muzeum usilovalo o vlastní vhodnou budovu. 

V roce 1891 napsal list Budivoj: „Na Krumlovské straně za Zlatým mostem vyhlédnuto jest místo, na němž má býti postavena budova pro městské muzeum, jemuž místnosti v nové radnici nijak nevyhovují.“ Místo tedy vyhlédnuto bylo, ale v roce 1892 začala mít o stejné místo zájem c. k. pošta. Muzejní spolek si proto našel nové místo pro muzeum naproti staré nemocnici směrem policejném kasárnám (později tam stálo Bio Royal). Mezitím c. k. pošta přestala mít o prostor pod Krumlovskými alejemi zájem, takže v březnu 1895 ten pozemek darovala radnice muzeu.

Ale ještě na konci téhož roku 1895 bylo všechno jinak. Muzeum bylo odsunuto a pozemek dostala justice. Nic se však nedělo, začal se přednostně stavět justiční palác v Plzni. Budějovický justiční palác se začal stavět až v roce 1902. Muzejní spolek si v roce 1895 našel další prostor na pozemcích bývalého ravelinského parku (Ravelinpark) za Německým spolkovým domem a na pozemcích městského zahradnictví. Zastupitelstva tyto pozemky pro stavbu muzea schválily dne 31. prosince 1897. To bylo na Silvestra, ale tenkrát nebyly Silvestry ještě tak bujaré.

Správní výbor muzea pověřil stavebního radu Victora Schwerndtnera z Plzně vypracováním projektu. Na základě výběrového řízení byla stavbou muzea pověřena v září 1898 firma stavitele Josefa Hauptvogela. Poté se začalo muzeum stavět. Stavebně bylo muzeum dokončeno v roce 1901. Z radnice se potom přestěhovaly sbírky a připravovaly expozice. Hlavní vchod za policajtským domem se v několika výjimečných příležitostech do roku asi 1950 používal.

Ve skutečnosti je doložen pokus o založení muzea již z roku 1865. Úplně první iniciativu vyvinulo místodržitelství, které k tomu vyzvalo obchodní a průmyslovou komoru, která zase vyzvala radnici. Otálelo se 38 let.